Hay varias formas de añadir en tu tema el css y el javascript.   Vamos a hablar de dos de ellas.

Podemos añadir los estilos directamente en nuestro header.php o podeimos incluirlos en nuestro functions.php

1.- header.php

<link rel="stylesheet" type="text/css" href="&lt;?php bloginfo('template_url') ?/your_css_file/css" />

2.- functions.php

Pasos:

1. Nos creamos una funcion
2. Registramos

function theme_styles()  { 
	// Registramos el css
	wp_register_style( 'home', get_template_directory_uri() . '/css/home.css' );
	// Agregamos los ficheros css en todas las paginas
	wp_enqueue_style( 'main', get_template_directory_uri() . '/style.css' );
	wp_enqueue_style( 'custom', get_template_directory_uri() . '/css/custom.css' );
	// Si es homePage agregamos el fichero css
	if(is_page('home')) {
		wp_enqueue_style('<code>home</code>');
	}
}
add_action('wp_enqueue_scripts', 'theme_styles');

Enlaces a las funciones usadas:

http://codex.wordpress.org/Function_Reference/wp_register_style

https://codex.wordpress.org/Function_Reference/wp_enqueue_style